Alain Gueneau intègre la classe d’Art dramatique du CNR de Cergy-Pontoise en 1988 où il fait la rencontre d’Hubert Jappelle qui en est le professeur. Très vite, ce dernier lui offre ses premiers rôles professionnels au sein de sa compagnie implantée au Théâtre de l’Usine. Cette collaboration n’a jamais cessé depuis : parmi les auteurs joués par Alain Gueneau dans les mises en scène d’Hubert Jappelle, citons Strindberg, Molière, Ramuz, Grumberg, Ionesco, Marivaux, Labiche, Beckett …
Formé à la marionnette par Hubert Jappelle, il joue dans la plupart de ses spectacles pour marionnettes. Il travaille avec la compagnie Pipasol pour le jeune public. Il était à l’affiche du Théâtre des Déchargeurs dans la pièce Mickey la torche, mise en scène par Didier Delcroix.
Alain Guéneau met en scène En attendant Godot en 1995 et Fragment de théâtre I pour l’inauguration de l’exposition Les écrivains de la conscience européenne en 1998.